Muling napunta sa pansin ang Mindanao matapos imbestigahan ng Australian police ang posibilidad na ang mga suspek sa madugong Bondi attack ay naglakbay sa Pilipinas upang makipag-ugnayan o magsanay sa mga extremist. Gayunman, iginiit ng pamahalaan ng Pilipinas na wala umanong ebidensiyang sumusuporta sa alegasyong ito.
Ang Mindanao, tahanan ng malaking populasyong Muslim sa bansa, ay matagal nang nakararanas ng armadong tunggalian—mula pa noong panahon ng kolonyalismo hanggang sa pag-usbong ng mga separatist at Islamist groups noong dekada ’70 at ’90. Ilan sa mga grupong ito, tulad ng Abu Sayyaf at Maute, ay nasangkot sa pambobomba at kidnapping, at kalauna’y naghayag ng suporta sa Islamic State.
Noong 2014, nilagdaan ang isang peace agreement na nagbunsod sa pagbuo ng Bangsamoro Autonomous Region in Muslim Mindanao. Ngunit hindi lahat ng armadong grupo ay kumilala rito. Pinakamatingkad ang banta noong 2017 nang sakupin ng mga militanteng grupo ang Marawi City—isang limang buwang labanan na kumitil sa mahigit 1,000 buhay.
Ayon sa militar, malaki na ang ibinaba ng bilang ng mga jihadist at sila’y “watak-watak” na at walang malinaw na liderato. Gayunman, may babala ang mga security analyst na nananatili ang ilang lokal at pandaigdigang ugnayan ng mga ito, kaya’t nagpapatuloy pa rin ang mga operasyon ng gobyerno upang tiyakin ang kapayapaan at seguridad sa rehiyon.