Kinumpirma ng Department of Justice (DOJ) na isinama na sa Witness Protection Program (WPP) sina dating DPWH undersecretary Roberto Bernardo, dismissed district engineer Henry Alcantara, dating NCR engineer Gerard Opulencia, at contractor Sally Santos kaugnay ng imbestigasyon sa flood control corruption. Dahil dito, hindi na sila isasama bilang respondents sa ilang kasong ihahain sa korte kapalit ng kanilang testimonya.
Ayon kay Acting Justice Secretary Fredderick Vida, karapatan ng state witnesses na ma-discharge sa partikular na mga kaso basta’t tumutulong sila sa prosekusyon. Bilang bahagi ng kanilang kooperasyon, nangako rin ang apat na ibalik ang umano’y kickbacks, at nakapag-turn over na ng kabuuang ₱316 milyon sa gobyerno—pinakamalaki rito ang ₱181 milyon mula kay Alcantara.
Samantala, sinabi ng DOJ na hindi kwalipikado bilang state witnesses ang dalawa pang dating opisyal ng DPWH matapos ang masusing pagsusuri. Nilinaw din ni Vida na kapag may sinumang witness na umurong sa kanilang salaysay, maaari silang ibalik bilang akusado at ma-forfeit ang naibalik na pera.
Inihayag naman ni Ombudsman Jesus Crispin Remulla na may panibagong mga kaso pang ihahain sa Sandiganbayan, habang inaasahan ang karagdagang dokumentong isusumite ng DPWH. Sa kabila ng kontrobersiya, iginiit ng Malacañang na tuloy ang imbestigasyon sa multi-bilyong pisong flood control scam.